Aradan geçen zaman içinde müzeyi çevreleyen koşullar değişmiş, koleksiyon açısından kendisine rakip olan dünya müzeleri ile karşılaştırıldığında temel müzecilik faaliyetlerindeki eksiklikleri göz ardı edilemez hale gelmiştir.
Ancak bu noktada, Türkiye Seyahat Acentaları Birliği (TÜRSAB), T.C. Kültür ve Turizm Bakanlığı ile birlikte çalışmaya başlayarak bu eksiklikleri gidermek için kolları sıvadı. TÜRSAB ile Kültür ve Turizm Bakanlığı arasında 12 Şubat 2009 tarihinde imzalanan sekiz yıl süreli destekçilik, hizmet ve işbirliği protokolü ile, İstanbul Arkeoloji Müzeleri’nin faaliyetlerinin desteklenmesi ve ülkenin kültür ve turizmine yaptığı katkıyı artırmak amaçlandı.
Bu protokol çerçevesinde İstanbul Arkeoloji Müzeleri’nin Türkiye ve dünyada tanınması ve ziyaret edilmesi için öncelikle bir kurumsal kimlik çalışması yapıldı. Ziyaretçi hizmetleri ele alınarak eğitimli bir kadro oluşturuldu. Yeme içme alanları, hediyelik eşya ve kitap dükkânının yenilenmesine başlandı. Bu alanlardan elde edilecek gelirin tamamı müze için harcanacak.
Müzenin bakım, onarım ve ihtiyaçlarının karşılanmasının yanı sıra, yeni bir yüze ve çağdaş sergileme alanlarına kavuşması için planlamalar ve projelendirmeler ise halen devam ediyor.
Bu amaçlar doğrultusunda yenileme ve geliştirme çalışmalarına yönelik uzman isimlerden oluşan bir danışma kurulu bir araya geldi. Bilimsel danışma kurulunda Prof. Dr. Metin Sözen, Prof. Dr. Refik Duru, Prof. Dr. Haluk Abbasoğlu, Sabancı Müzesi Müdürü Dr. Nazan Ölçer ve İstanbul Arkeoloji Müzeleri eski Müdürü Dr. İsmail Karamut bulunuyor.
TÜRSAB, 2000 yılından günümüze değin, T.C. Kültür ve Turizm Bakanlığı ile sürekli olarak yenilenen protokoller dahilinde müze ve ören yerlerine katkılar sağlamaktadır. Örnek olarak Efes ören yerinin aydınlatma projesi, temizlik ve çöp toplama hizmetleri, Ayasofya Müzesi ve İshak Paşa Sarayı bünyesinde yapılan rekreatif düzenlemelere katkılar, Denizli Laodikeia ve Aydın Nysa kazılarına verilen destekler sıralanabilir.
TÜRSAB kendi kaynaklarının yanı sıra müze gelirlerini yine müze için kullanacak, Türk kültür ve tarihine değer veren firmalarla sponsorluk anlaşmaları yapacaktır.